鳳凰機場站位于三亞市鳳凰鎮鳳凰村境內，距三亞市區約14km。車站設于鳳凰機場航站樓北側約180m處，緊鄰機場進場道路布置，為本線中間站。車站中心里程K336+549.341，西北距崖州站28.1km，東南距既有三亞站9.3km，車站設到發線4條，按“兩臺夾4線”布置。
車站通站道路利用機場道路統一規劃設計。為方便鐵路兩側機場員工通行，在站房兩側各設6m寬人行地道各1處。本站站房高架，并通過換乘天橋與機場航站樓聯接，設計為有站臺柱鋼筋混凝土雨棚，站房總建筑面積5300m2，坡屋頂的造型減輕了建筑的體量感，使高架車站更顯大方輕盈，預示著三亞發展的騰飛。同時，建筑的造型與色彩符合熱帶地區的審美要求，完美的展示了南國建筑風貌。